Résumé de l'action
1- No Man's Land Part 2 Le Deadalus tente d'intercepter les vaisseaux ruches en chemin pour la Terre, mais après une courte bataille, Sheppard se retrouve accroché à la coque de l'un d'eux, alors qu'ils passent en hyper-espace. Piégé, il devra faire alliance avec Michael, qui se sent trahi par les Wraiths, afin de récupérer Ronon et McKay. Pëndant ce temps, le Docteur Weir est convoqué au SGC afin de s'expliquer sur les évènements récents et Caldwell s'apprête à faire le nécessaire pour que les Wraiths n'atteignent pas notre galaxie en utilisant toute la puissance du Deadalus et de l'Orion...
2- The Misbegotten Après avoir utilisé le rétrovirus sur les Wraiths, ceux-ci ont été re-transformé en humain, et l'équipe d'Atlantis doit faire face à un cruel dilemme concernant l'avenir de ces personnes. Pendant ce temps, les décisions du Docteur Weir sont examinées par Richard Woolsey...
3- Irresistible Un homme rencontré sur une autre planète et nommé Lucius Lavin a un effet inhabituel sur toutes les personnes de son entourage, et notamment le personnel d'Atlantis. Tout le monde semble être sous le charme de cet homme qui a fait par le passé une unique découverte scienfique qui pourrait bien être la cause de son "charme". Seul Sheppard semble ne pas être affecté...
4- Sateda Sheppard, Teyla, et Ronon sont pris sous un feu nourri sur une planète forestière. Ronon va alors se faire capturer par les habitants qui le livrent aux Wraiths. Ceux-ci vont recommencer leur jeu macabre avec Ronon...
5- Progeny Le Docteur Weir se joint à l'équipe de Sheppard afin de rencontrer le peuple d'Asuras, vraisemblablement des Anciens n'ayant pas accomplis l'Ascension. Mais la situation va rapidement dégénérer lorsque l'équipe va découvrir que ce peuple est en fait une forme de vie artificielle proche des Réplicateurs...
6- The Real World Le Docteur Weir se réveille dans un institut psychiatrique proche de Washington DC. Mais personne ne connait l'existence du projet Stargate, pas même le Général Jack O'Neill, comme si tout cela n'avait jamais existé. De retour sur Atlantis, l'équipe tente de sauver Elisabeth, victime des nanites Réplicateurs...
7- Common Ground Lors d'une mission, Sheppard est victime d'un piège tendu par le Commandant Acastus Kolya des Geniis (voir The Storm 1/2 et The Storm 2/2). Sheppard est alors retenu prisonnier dans une cellule proche de celle d'un Wraith affamé. Kolya va alors torturer Sheppard grâce au Wraith afin d'obtenir ce qu'il veut...
8- McKay and Mrs. Miller La soeur de McKay, Jeannie, se révèle être toute aussi brillante que son frère en ce qui concerne les domaines scientifiques. Rodney la contacte alors afin qu'elle l'aide sur un projet, l'obligeant à lui révèler l'existence des Stargates et d'Atlantis. Mais la situation se complique lorsqu'un double de McKay provenant d'un univers parallèle arrive à Atlantis lors des expériences...
9- Phantoms Lors d'une mission de secours sur une planète, Sheppard, Ronon et les autres se retrouvent sous l'influence d'un appareil Wraith destiné à altérer les pensées, les rendant prisonniers de leurs souvenirs. Mais l'appareil finit par menacer leur vie lorsqu'ils commencent à tous vouloir s'entre-tuer...
10- The Return Part 1 Lors d'un test de voyage à longue distance par la Stargate, permettant le voyage entre la Terre et Pégase en 30 minutes, McKay, Sheppard et les autres, découvrent une Vaisseau Ancien voyageant pratiquement à la vitesse de la lumière. Le Docteur Weir accueille alors les Anciens à Atlantis, mais ceux-ci veulent purement et simplement récupérer le contrôle total de la cité, obligeant les humains à abandonner la galaxie de Pégase. Mais la menace des Réplicateurs va changer la donne...
11- The Return Part 2 La mission du Général O'Neill pour défendre Atlantis est mis en échec et lui et Richard Woolsey sont fait prisonniers pendant l'assaut des Asurans. En apprenant la nouvelle, Sheppard, Weir et le reste de l'équipe se préparent à voler un Jumper afin de repartir sur Atlantis, avec un plan pour reprendre le contrôle...
12- The Return Part 2 La mission du Général O'Neill pour défendre Atlantis est mis en échec et lui et Richard Woolsey sont fait prisonniers pendant l'assaut des Asurans. En apprenant la nouvelle, Sheppard, Weir et le reste de l'équipe se préparent à voler un Jumper afin de repartir sur Atlantis, avec un plan pour reprendre le contrôle...
13- Irresponsible Pendant l'exploration d'une planète, l'équipe du Colonel Sheppard rencontre Lucius Lavin, partageant ses expériences et ses découvertes. Mais l'arrivée de Kolya et de ses troupes risque d'interrompre les retrouvailles...
14- Tao of Rodney Rodney développe de nouvelles aptitudes mentales qui lui permettent de maitriser la télékinésie. Il se lance alors dans la reprogrammation de l'utilisation du ZPM d'Atlantis, mais la situation échappe à son contrôle...
15- The Game Sheppard et McKay s'affrontent depuis quelques temps dans un jeu de stratégie qu'ils ont découvert sur un ordinateur d'Atlantis. Mais ils vont découvrir que ce n'était pas qu'un simple jeu mais une expérience mené par les Anciens. En effet, leurs ordres ont été transmis à deux peuples d'une planète de la galaxie de Pégase...
16- The Ark L'équipe de Sheppard découvre les derniers survivants d'une civilisation qui avaient été placés en animation suspendue à bord d'une station spatiale. Alors que certains de ces humains se réveillent, les problèmes issus du passé s'accumulent et menacent de détruire la station...
17- Sunday Alors que l'équipe d'Atlantis profitent d'une journée de détente, une explosion ébranle la cité...
18- Submersion L'équipe est à la recherche d'une nouvelle source d'énergie qui pourrait se trouver au fond de l'océan dans un complexe sous-marin des Anciens. Mais à leur arrivée, Teyla sent la présence d'un Wraith...
19- Vengeance Lorsqu'Atlantis perd le contact avec une colonie Taranienne. Sheppard et son équipe partent enquêter et découvrent que Michael est responsable de leur disparition. En effet, celui-ci soumet les habitants à des expériences macabres en utilisant l'insecte Iratus...
20- First Strike Part 1 Le Colonel Abe Ellis arrive à Atlantis à bord d'un nouveau vaisseau humain de classe Deadalus, l'Apollo, ainsi qu'une nouvelle mission. Weir est inquiéte de cette nouvelle situation qui pourrait créer une situation de guerre contre un ennemi puissant. Weir va devoir prendre des décisions radicales pour sauver Atlantis...
